Die sieben Institute des Forschungsverbundes haben eine Gemeinsame Verwaltung mit Sitz in Berlin-Adlershof. Jedes Institut hat zusätzlich ein Verwaltungsteam vor Ort. Alle Beschäftigten in der Verwaltung zusammen bilden die Verbundverwaltung.
Martin Böhnke ist seit April 2022 Justiziar beim Forschungsverbund Berlin e.V. und übernahm am 01.04.2024 die Geschäftsführung. Bis dahin war er Hauptberuflicher Vizepräsident an der HAWK Hochschule für angewandte Wissenschaft und Kunst Hildesheim/Holzminden/Göttingen. Zuvor war er Kanzler an der Staatlichen Akademie der Bildenden Künste Stuttgart. Nach dem Studium der Rechtswissenschaften an der Leibniz Universität Hannover und dem Referendariat hat er unterschiedliche Aufgaben übernommen; u.a. war er als Fakultätsgeschäftsführer an der Leibniz Universität Hannover tätig.